Евгений Изотович Шишкин родился 8 марта 1925 года. В годы Великой Отечественной войны воевал в отдельном Краснознаменном полку связи 5-й армии 3-го Белорусского фронта.
В 1949 году окончил Военный институт иностранных языков. Затем работал в аппарате Уполномоченного представителя Верховного комиссара в Австрии.
Во внешней разведке — с 1955 года. Неоднократно направлялся в длительные загранкомандировки, дважды возглавлял резидентуры.
За заслуги перед Родиной награжден орденами Красного Знамени и Отечественной войны I степени, двумя орденами Красной Звезды, двумя медалями "За боевые заслуги", другими государственными наградами, а также нагрудным знаком "Почетный сотрудник госбезопасности".
Был заместителем начальника внешней разведки (1975-1980 годы), генерал-майор.
В 1991 году вышел в отставку по возрасту.
Шишкин Е.И. умер 23 мая 2018 года. Похоронен на Троекуровском кладбище Москвы.