Более двух лет Ваупшасов возглавлял одно из крупных партизанских соединений.

Помимо Медведева и Кузнецова еще семь кадровых сотрудников внешней разведки были удостоены высокого звания Героя Советского Союза за образцовое выполнение специальных заданий в тылу противника. Это Ваупшасов, Кудря, Лягин, Молодцов, Орловский, Прокопюк и Рабцевич.

Накануне Великой Отечественной войны Станислав Алексеевич Ваупшасов находился на разведработе за границей. Знание испанского, английского и шведского языков, большой жизненный и боевой опыт способствовали успешному выполнению заданий Центра.

Возвратившись из командировки, Ваупшасов уже в сентябре 1941 года принимает участие в битве под Москвой в качестве командира батальона Отдельной мотострелковой бригады особого назначения.

В конце 1941 года Ваупшасову было поручено сформировать отряд особого назначения, которому надлежало скрытно перейти линию фронта и действовать в тылу врага в окрестностях Минска. Помимо боевых операций — уничтожение вражеских гарнизонов, эшелонов с войсками и техникой, разрушение железных дорог, мостов — в задачу входило поддержание связи с действовавшими на территории Белоруссии партизанскими отрядами и подпольными группами, координация их взаимодействия. Немаловажную роль при подборе командира отряда, видимо, сыграли и личные качества Ваупшасова, отраженные в его характеристиках: "способен переносить любые трудности", "дисциплинирован, энергичен, инициативен", "храбр, решителен, скромен". Отряд преодолел почти тысячу километров и в конце апреля 1942 года прибыл к месту назначения — в леса Логайского района, неподалеку от Минска.

Более двух лет Ваупшасов непосредственно возглавлял одно из самых крупных партизанских соединений. Велик был вклад его бойцов в общее дело победы. За 28 месяцев войны в тылу врага они подорвали 187 эшелонов с живой силой, техникой и боеприпасами. В боях и в результате диверсий было уничтожено свыше 14 тысяч немецких солдат и офицеров. Совершено 57 крупных диверсий, из них 42 — в Минске. В наиболее ответственных операциях Ваупшасов участвовал лично.

Из оперативной справки на опергруппу Ваупшасова "Местные":
"Для проведения разведывательной и специальной работы опергруппа имела на связи около 500 агентов-боевиков, было создано также 40 подпольных диверсионных групп. Опергруппой ежедневно передавались в Центр важные разведывательные сведения о военных объектах противника, его аэродромах, гарнизонах, переброске войск, подготовке гитлеровским командованием операции на Курской дуге".

Спецслужбы противника знали, что под Минском действует чекист подполковник Градов (псевдоним С.А.Ваупшасова), и усердно охотились за ним. Начальник следственного отдела СД Кроль, позднее попавший в плен, рассказывал, сколько трудов стоили немецким карательным органам поиски следов Градова. Но Ваупшасов маневрировал, часто менял базы и "просачивался" сквозь гитлеровские ловушки и заслоны.

Когда Кроль, будучи в плену, наконец увидел Градова — невысокого, чуть сутуловатого партизанского командира, — фашистский офицер вскочил со стула и вытянул руки по швам.

Отряд Ваупшасова, находившийся в тылу врага 28 месяцев, олицетворял дружбу и братство народов. В отряде плечом к плечу сражались русские, белорусы, украинцы, чехи, армяне, поляки, литовцы, евреи. Были даже один австриец и один немец. Все они составили боевой коллектив, который вписал немало славных страниц в историю партизанской борьбы против фашистских захватчиков.

15 июля 1944 года отряд Ваупшасова соединился с частями Красной Армии.

За умелое руководство боевыми операциями по разгрому врага, героизм, проявленный при выполнении специальных заданий в тылу противника Станиславу Алексеевичу Ваупшасову 5 ноября 1944 года было присвоено звание Героя Советского Союза.

Он был также награжден четырьмя орденами Ленина, орденами Красного Знамени, Трудового Красного Знамени, Отечественной войны 1-й и 2-й степени, многими медалями.